1、用微生态制剂抑制甲藻的繁殖：“聚能菌素”、“活水益生素”等含有多种有益微生物，可以有效抑制甲藻。
原理：?通过生物竞争，平衡氮磷比例，从根本上防止甲藻的爆发；微生物通过大量繁殖，与甲藻争夺氧气和营养元素，抑制其光合作用，减缓甲藻繁殖速度，同时稳定水体的ph值。建议先用“藻毒分解片”+“藻毒分解素”解毒，再用底改酵素吸附水中有机质与无机盐，降低水体肥度，创造不利于甲藻生长的养殖环境，2～3小时后排水20～30公分（可分2～3次排）。隔天上午使用“红螺壮”+“噬菌肽”净水。
2、排上层水同时注入优质的外源水，换掉部分甲藻水。一定要注意加水时间，如果上午大量的加水，往往水会更浓，就跟没换过一样!这是因为甲藻生长繁殖得很快了，特别是高温有太阳的时候，我们把水体降低了，水温容易升高更促进了甲藻的繁殖，往往导致我们换水的速度赶不上甲藻繁殖的速度!所以甲藻水一般选择晚上换水。隔天早上先用“底改酵素”抑制甲藻生长，使用“底改酵素”是因为它可以黏附在藻细胞表面，阻断光合作用，加速藻类死亡或降低水体透明度不利于甲藻生长。2小时后再用“红螺壮”泼洒，竞争抑制甲藻生长，因为这么多菌类当中只有光合细菌“红螺壮”的营养需求是最接近藻类的，都是自养营养方式的。
3、加大肥水力度：无论在预防还是治疗甲藻上，在施用微生态制剂的基础上，一定要加大肥水力度，平衡水体营养元素，从而加快有益藻的繁殖，使其尽快成为优势种。实践证明在养殖期间定期使用“安进肥霸”、“安进肥源”、“安进菌霸”平衡水体的营养元素，以增加有益藻的繁殖，平衡藻相，有效预防甲藻的爆发。
4、套养滤食性鱼类，比如白鲢、花鲢、罗非鱼，大部分甲藻都能够滤食性鱼类消化食用，从而预防甲藻的爆发。
5、科学投饵，养殖期间投喂饵料按照七到八成饱原则投饵，投饵还需根据天气、水质、溶氧等变化灵活增减。还可在饲料中定期添加“乳酸菌群”、“铂富肽-上料旺”等微生态制剂，“转肝灵”、“优食”等中草药制剂，促进饲料的消化吸收，减少残饵对水质、底质的污染。